Por el municipio corren varios ríos y arroyos, siendo los más importantes los ríos: Yara, Jibacoa, Hicotea, Guabeje, Limones y Hondo. El río Hicotea limita con el municipio de Yara y el río Jibacoa con el municipio de Campechuela. Este último río, por la extensión de su recorrido, dentro o al borde Este del municipio, es el más importante. Los ríos Jibacoa, Guabeje, Limones y Hondo tributan, primaria o secundariamente, al Guá para desembocar en Punta Guá.

La fauna municipal es mayormente antropogenia, debido a la destrucción de los hábitats de la fauna original y ocupación de la mayor parte de los nuevos espacios ecológicos modificados o surgidos durante la actividad humana por animales tolerantes y adaptables. Escasas poblaciones de animales endémicos cubanos o locales sobreviven con dificultades crecientes.

De acuerdo con el Nuevo Atlas Nacional de Cuba (1989) los paisajes predominantes son:
Llanura erosiva formada por marga y flysch, media, con plantaciones de caña de azúcar (al centro Sur del municipio).
Llanuras erosivas formadas por marga, caliza, arenisca y flysch, alta, con pastos y matorral secundario (al Sur del paisaje anterior).

En relación con este municipio el Nuevo Atlas Nacional de Cuba (1989) informa, entre otras cosas, lo siguiente:
El clima, de acuerdo a la tipología de Koeppen modificada es clasificable como tropical lluvioso con verano relativamente húmedo o de sabana.
El municipio es prácticamente atravesado por el límite entre dos subregiones climáticas del Caribe: Caribe Noroccidental (vientos variables y calmas con influencia estacional del continente) y Caribe Sudoriental (alisios con zonas relativamente lluviosas).
Su estación meteorológica, que comenzó sus observaciones en 1965 y está ubicada a 10 m de altitud, pertenece a la red básica de programa único.